Antara kontroversi dalam proses pemindaan akta ini adalah akta ini dikatakan mempunyai bayangan Akta Keselamatan Dalam Negeri (Internal Secuirty Act (ISA)) 1960 Rata-rata ahli Parlimen menafikan bahawa POCA merupakan jelmaan semula ISA yang merupakan akta paling kontroversi dan ditakuti awam. Isu yang dipertikaikan adalah berkenaan isu penyalahgunaan kuasa undang-undang. ISA memperuntukkan hukuman tahanan tanpa bicara selama dua tahun yang jelas melanggar prinsip asas keadilan undang-undang semula jadi yang dijelmakan semula dalam POCA. Sungguhpun ISA telahpun dimansuhkan bersama-sama Akta Buang Negeri 1959 dan jaminan Perdana Menteri Datuk Seri Najib Abdul Razak bahawa perbezaan ideologi politik tidak akan menjadi asas penahanan bawah POCA, namun pihak pembangkang masih lagi ragu-ragu dan skeptikal akan kenyataan tersebut.

Terdapat juga pandangan bahawa akta dan undang-undang yang diperkenalkan oleh kerajaan seperti ISA Akta Rahsia Rasmi (OSA), Akta Polis[11] , Akta Percetakan dan Penerbitan, Akta Universiti dan Kolej Universiti (AUKU) [12] bertujuan mengawal tingkah laku rakyat dan akta tersebut menjadi alat kerajaan melakukan doktrinisasi psikologi terhadap masyarakat supaya tidak menentang dan kerajaan. Masyarakat awam melihat POCA sebagai alat kawalan baharu pihak kerajaan mengawal aktiviti jenayah termasuk para pembangkang. Pembangkang yang sering menyuarakan isu penyalahgunaan kuasa akta seperti ISA untuk menahan pihak pembangkang serta beberapa individu yang menentang dan mempunyai ideologi politik yang berbeza di Malaysia.[13]